Nhiều sách sử cho biết tổ tiên của Lý Nam Đế là người tỉnh Sơn Tây vào cuối thời Tây Hán thì tránh sang ở Giao Châu để lánh nạn loạn Vương Mãng. Qua chín đời, đến đời Lý Bí thì dòng họ Lý đã ở Việt Nam được hơn năm thế kỷ. Chính sử Trung Quốc đều coi Lý Bí là "Giao Châu thổ nhân".[5]

Theo sách Văn minh Đại Việt của Nguyễn Duy Hinh căn cứ các thần phả thì Lý Bí không phải là thế hệ thứ bảy mà là thế hệ thứ 11 của họ Lý từ khi sang Việt Nam. Khoảng cách 11 thế hệ trong năm thế kỷ hợp lý hơn là bảy thế hệ trong năm thế kỷ. Theo đó, đời thứ bảy là Lý Hàm lấy bà Ma thị là người Việt, sinh ra Lý Thanh. Lý Thanh phục vụ dưới quyền Thứ sử Giao Châu là Đàn Hòa Chi nhà Lưu Tống thời Nam Bắc Triều (Trung Quốc). Lý Thanh sinh ra Lý Hoa, Lý Hoa sinh ra Lý Cạnh. Lý Cạnh sinh ra Lý Thiên Bảo và Lý Bí, Lý Hùng.[5]

Lịch sử Trung Quốc[6][cần dẫn nguồn] cho biết: "Năm 436 vua Lưu Tống Văn Đế (424–453) sai thứ sử Giao Châu Đàn Hòa Chi đánh Lâm Ấp." Năm 453 vua Lưu Tống Văn Đế cùng thứ sử Giao Châu Đàn Hòa Chi đánh Lâm Ấp lấy được nhiều của quý lạ thì từ cuối thời Tây Hán là năm 25 Công nguyên đến khi Đàn Hoà Chi đánh Lâm Ấp lần thứ nhất năm 436 là hơn 400 năm. Trong khi đó theo cách tính của Nguyễn Duy Hinh thì Lý Thanh là đời thứ tám, như vậy từ cụ tổ đầu tiên sang Việt Nam cho đến Lý Thanh chưa tới 250 năm, thế thì không thể hợp tác với Đàn Hoà Chi năm 436 được. Từ cụ tổ đầu tiên sang Việt Nam đến vua Lý Bí không phải 11 đời hay 7 đời, mà là 17 đời. Có khả năng con số 7 này sai bởi khâu in ấn từ 17 thành 7, giống như trường hợp Ngô Mây sinh năm 1919 in nhầm thành 1929 (đã được chỉnh lý trên báo QĐND số ra ngày 31 tháng 12 năm 2006) hay nhà Mạc cướp ngôi nhà Lê năm 1527 lại in 1517. Đại Việt sử ký toàn thư[7][8] thì chép: "Tổ tiên là người Bắc, cuối thời Tây Hán khổ vì việc đánh dẹp mới tránh sang ở đất phương Nam, được bảy đời thì thành người Nam" chứ không nói đến Lý Bí là bảy đời.

Theo thần sắc[9] chỉ chép về Lý Thiên Bảo, anh trai Lý Bí là ở xã Dịch Vọng Tiền, tuy nhiên chưa rõ về Lý Bí có quê hương ở đâu. Cụ thể nội dung như sau: "Giáp Tăng Phúc xã Dịch Vọng Tiền ngày nay, xưa vốn là trang Thái Bình. Đất ở đây bằng phẳng, sông ở đây trong mát cây cối xanh tươi mà sầm uất, phong tục chất phác mà dày dặn. Trong ấp có ông Lý Thiên Bảo luôn làm việc thiện, ngày đêm thắp hương thờ thượng đế, rộng lòng làm điều phúc, bỏ của tu tạo đền chùa..." [10]

Về quê hương Lý Bí, các nguồn tài liệu ghi khác nhau. Đại Việt sử ký toàn thư và Lịch triều hiến chương loại chí ghi ông là người Thái Bình, phủ Long Hưng. Theo Khâm định Việt sử thông giám cương mục thì "tên Thái Bình đặt từ thời Đường (618–907), còn Long Hưng đặt từ thời Trần (1225–1400)," như vậy gọi Thái Bình và Long Hưng là gọi theo tên sau này đặt. Các sử gia nhà Nguyễn xác định Long Hưng thuộc Thái Bình và cho rằng quê Lý Bí thuộc Thái Bình. Việt Nam sử lược ghi rằng phủ Long Hưng thuộc tỉnh Sơn Tây (cũ). Các nhà nghiên cứu hiện nay chỉ ra rằng: thời Bắc thuộc, tỉnh Thái Bình hiện nay vẫn là biển. Tên gọi Thái Bình thời Bắc thuộc nằm trong khoảng vùng Sơn Tây[11]. Tại khu vực này có nhiều đền thờ Lý Bí và những người gắn bó với ông như Triệu Túc, Phạm Tu, Lý Phật Tử.

Nhân kỷ niệm 1.470 năm (542–2012) ngày cuộc khởi nghĩa Lý Bí bùng nổ, ngày 6 tháng 10 năm 2012 tại Hà Nội, Hội Khoa học Lịch sử Việt Nam và UBND tỉnh Thái Nguyên tổ chức Hội thảo khoa học "Một số vấn đề về Vương triều Tiền Lý và quê hương của vua Lý Nam Đế" với sự tham dự của đông đảo các nhà sử học, nhà khoa học và nhân dân địa phương (Hà Nội, Thái Nguyên, Phú Thọ...). Dựa trên cơ sở tư liệu điền dã thực địa ở các vùng xã Tiên Phong (huyện Phổ Yên) và huyện Thái Thụy, kết hợp với thần tích, truyền thuyết… còn lưu giữ tại các xã Giang Xá, Lưu Xá (huyện Hoài Đức), 27 tham luận tại hội thảo đưa ra kết luận vua Lý Nam Đế có quê gốc ở thôn Cổ Pháp, xã Tiên Phong, huyện Phổ Yên, tỉnh Thái Nguyên.[12][13]